PhenoCycler™ Solution

Etapy obrazowania w technologii PhenoCycler ^TM Solution (dawniej CODEX ®)

1. Jednoczesne znakowanie przeciwciałami wszystkich markerów w preparacie (do 100+ komórkowych markerów białkowych). Jednoetapowe znakowanie gwarantuje zachowanie architektury komórkowej badanej tkanki. Każdy rodzaj przeciwciał jest związany z indywidualnym jednoniciowym oligonukleotydem (Barcode).
2. Jednoczesne dodanie trzech barwników fluorescencyjnych (Reporters) związanych z jednoniciowymi oligonukleotydami komplementarnymi do Barcodes charakterystycznymi dla 3 rodzajów przeciwciał. Każdy barwnik łączy się z jednym rodzajem przeciwciał.
3. Obrazowanie fluorescencyjne dla 3 kanałów fluorescencji rejestrujące pierwsze trzy badane markery.
4. Odpłukanie barwników fluorescencyjnych.
5. Dodanie barwników (Reporter) połączonych z kolejnymi 3 oligonukleotydami komplementarnymi z trzema kolejnymi Barcode
6. Obrazowanie fluorescencyjne kolejnych trzech badanych markerów
7. Odpłukanie barwników fluorescencyjnych
8. Powtarzanie cyklu dodawania barwników, obrazowania i odpłukiwania barwników do momentu zobrazowania wszystkich badanych markerów
9. Analiza obrazowania wieloparametrowego pozwalająca na definiowanie fenotypów komórkowych, klasyfikacje komórek, analizę populacyjną komórek, bramkowanie, analizę przestrzenną i kontekstową, badanie mikrośrodowiska tkankowego i architektury tkanki, a także na segmentacje komórek i kwantyfikacje biomarkerów.

We wszystkich etapach dodawania barwników (Reporter) stosuje się te same trzy barwniki fluorescencyjne, jednakże w każdym etapie dodaje się barwniki połączone z innymi oligonukleotydami pozwalającymi na komplementarne połączenie z Barcode dla kolejnych rodzajów przeciwciał związanych z badanymi markerami. CODEX Software Suite przyporządkowuje pseudokolory dla każdego markera, co pozwala na łączną multipleksową analizę wszystkich badanych markerów w preparacie.